甜菜西方黄化病毒两个山东辣椒分离物全基因组扩增及序列分析

 通过RACE和RT-PCR技术相结合的方法,在山东省潍坊市和济宁市辣椒上克隆出2个甜菜西方黄化病毒(beet western yellows virus,BWYV)的全基因组序列,基因组全长均为5 699 nt。与GenBank比对发现,2个分离物的5′UTR(Untranslated region,UTR)变异程度小、相对比较保守,而3′UTR变异程度大、为突变热点区域。潍坊、济宁两地分离物与GenBank中该病毒的全基因组序列相似度平均值分别为89.89%和89.72%。系统进化树分析发现BWYV亚洲地区的分离物聚类在3个不同的组别,本研究克隆的2个山东分离物和3个日本分离物(LC428355、LC428356、LC428357)、2个韩国分离物(LC198684、KM076647)聚在一组,而美国分离物与法国分离物聚在其他分支,表明该病毒的进化存在地理相关性。这是首次对BWYV中国辣椒分离物的全基因组序列克隆,丰富了BWYV的序列信息,有助于进一步了解该病毒种群的遗传进化关系。     

大白菜单拷贝序列的长片段PCR体系优化

目的序列长片段PCR产物可作为FISH技术的有效探针进行分子细胞遗传学研究。然而,传统PCR技术对于5 kb以上的长片段进行有效扩增很难。合适的反应条件及反应体系是进行长片段PCR有效扩增的必要前提。为了获得目的序列长片段PCR产物以用于FISH研究,根据大白菜A03染色体顶端无重复序列区段设计了80对长片段PCR引物,从基因组DNA模板质量、d NTPs浓度以及退火温度和延伸时间方面对PCR技术体系进行了优化。试验证明,选用幼苗嫩叶的基因组DNA和LA Taq DNA聚合酶可以提高长片段PCR引物的扩增质量和扩增效率;确定了适合5~15 kb长片段PCR的反应体系为20μL:50 ng/μL模板DNA 2μL,2.5 mmol/L d NTPs 1.6μL,10μmol/μL正反引物各1μL,10×LA PCR BufferⅡ(含Mg2+)2μL,5 U/μL LA Taq酶0.2μL;反应条件为98℃变性15 s;58~64℃退火10 s,68℃延伸5 min,35个循环;68℃延伸10 min,4℃保存。在大白菜基因组中成功获得了60对5~15 kb的扩增片段。为在大白菜粗线期染色体上开展长片段PCR-FISH技术研究及在近缘种间开展比较染色体涂染揭示进化关系奠定了理论基础。     

A preliminary analysis of phylogenetic relationships ofArundinaria and related genera based on nucleotide sequences of nrDNA (ITS region) and cpDNA (trnL-F intergenic spacer)

Phylogenetic relationships ofArundinaria and related genera (Pleioblastus, Pseudosasa, Oligostachyum, Bashania, Clavinodum, etc.) were assessed by analyzing the sequences of the nrDNA internal transcribed spacer (ITS) and the cpDNAtrnL-F intergenic spacer (IGS). Comparison withtrnL-F IGS sequence, the ITS region provided the higher number of parsimony informative characters, and the interspecific variation of the ITS sequence was higher than that of thetrnL-FIGS sequence. The tree obtained by combining both sets of data showed that the species sampled inArundinaria and the related genera were monophyletic and divided into two clades. The relationships and positioning of all the taxa surveryed (includingA. oleosa, A. hsienchuensis, A. chino, A. amara, A. yixingensis, A. amabilis, A. fortunei, A. pygmaea, A. gramineus, A. fargesii, A. faberi, A. hupehense, Pseudosasa japonica cv. Tsutsumiana, P. japonica andBrachystachyum densiflorum) were also discussed. The results from the sequences were broadly consistent with morphological characters, appearing all these taxa sampled belong to the genus ofArundinaria. The topologies of the trees generated from individual data and the combined data were similar. Foundation item: This study was supported by National Natural Science Foundation of China (No. 30170788) Biography: ZHUGE Qiang (1959-), male, professor in Laboratory of Forest Genetics and Gene Engineering, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, P.R. China. Responsible editor: Song Funan     

玉米螟赤眼蜂不同地理种群mtDNA基因序列分析及遗传分化研究

本研究通过对玉米螟赤眼蜂Trichogramma ostriniae不同地理种群的线粒体DNA COⅠ、COⅡ和Cytb基因进行序列分析,研究了我国玉米螟赤眼蜂不同地理种群的遗传分化程度.结果发现,玉米螟赤眼蜂群体内线粒体基因具有丰富的遗传多态性,且各地理种群之间已产生不同程度的遗传分化.中性检测结果表明,玉米螟赤眼蜂进化遵循中性模型,且在过去呈现种群扩张趋势.玉米螟赤眼蜂不同地理种群之间的遗传距离在0.002～0.020之间.种群系统聚类树分支结构和Mantel相关性分析结果表明,玉米螟赤眼蜂各地理种群的遗传距离与地理距离间不具有显著的相关性.     

Oligonucleotide fingerprinting of resynthesized Brassica napus

Brassica napus plants, artificially synthesized through somatic hybridization of B. oleracea and B. campestris protoplasts, were analyzed by oligonucleotide fingerprinting. While the fingerprint patterns of the different hybrid plants looked very much alike, they did not simply represent a combination of the parental patterns. Instead, the absence of parental bands as well as the presence of new bands suggest that elimination and/or rearrangements occurred during or after the fusion of the two genomes. The fingerprints of individual F1 progeny plants of selfed hybrids did not detect major changes. Thus, once formed, the artificially resynthesized amphidiploid B. napus genome appears to be stable. Taken together, our experiments demonstrate the usefulness of oligonucleotide fingerprinting for the characterization of artificial hybrids in the genus Brassica.     

4个姬松茸菌株rDNA ITS序列比较

应用通用引物ITS1和ITS4从4个姬松茸(Agaricus blazei Murill.)菌株子实体中扩增出rDNA ITS序列(登录号分别为EF195648,EF471305,EF471306,EF471307),4菌株ITS序列长度分别为734bp、700bp、724bp和735bp。通过GenBank中BLAST,四个姬松茸菌株与A.brasiliensis(AJ884651)和A.blazei(AF161013)相似率最高,分别为:94%、99%、97%和98%。四个姬松茸菌株同源性较高,达93%以上,其中,ABM-B与ABM-D相似率最高,为97%;ABM-B与ABM-C相似率为96%,ABM-A与ABM-C、ABM-C与ABM-D相似率为94%,ABM-A与ABM-D相似率为93%。     

cDNA-AFLP结合BSA研究马铃薯晚疫病菌小种特异无毒基因差异表达片段

通过对具有 6个无毒基因不同表型的马铃薯晚疫病菌构建的 4个混合池进行cDNA AFLP分析 ,得到与 6个与无毒基因相关的差异表达片段 (TDFs) 85条 ,其中与无毒基因Avr1相关的为 2 0条 ,Avr2 2 8条 ,Avr3 Avr10 Avr1116条 ,Avr4 2 1条。差异表达片段大小主要分布在 10 0bp和 30 0bp之间 ,最小片段为 6 0bp ,最大片段 4 40bp。差异表达片段的获得将有利我们下一步克隆全长无毒基因和对晚疫病垂直抗性机制的研究     

淡蜡黄鸡油菌——中国食用菌一新记录

介绍采自中国罗霄山脉南端湖南省内的一种可食用鸡油菌。通过详细的形态学特征观察和基于nrLSU序列的分子系统学分析表明,该种是近年报道于东南亚热带地区(马来西亚)的一个鸡油菌新种——淡蜡黄鸡油菌(Cantharellus cerinoalbus)。此系该物种在我国首次记录,证明了该种可自然分布至东亚亚热带地区。该种的主要鉴别特征是子实体小到中型;菌盖表面蜡质,易碎,淡黄绿色;菌褶在鸡油菌种类中相对较薄且没有或很少分叉及横脉;担孢子7.5~10(~10.5)×5~6.5(~7)μm。依此特征可与鸡油菌属其它常见种类区分。     

Pseudomonas putida GM6多聚磷酸盐激酶(ppk)基因的克隆及表达

以一株高效聚磷菌Pseudomonas putida GM6为研究材料.为获得其多聚磷酸盐激酶（polyphosphate kinase,ppk）基因,并验证该基因在磷酸盐转运系统中的作用,根据已报道的ppk基因保守区域设计引物,从其总DNA中成功扩增到ppk基因的部分片段（约528 bp）.随后采用快速染色体步移方法（Self-formed adaptor PCR,SEFA-PCR）技术扩增片段的上下游基因序列,将三个序列拼接,用OMIGA软件分析其ORFs,推测ppk基因全长为2 220 bp（GenBank accession number DQ133537）.构建的多聚磷酸盐激酶表达菌株E. coli BL21（DE3）/ pET29a-ppk经IPTG诱导后3 h时,明显出现分子量约为81 kDa的表达产物.且表达菌株在12 h时的磷去除率高达80%（对照菌株的磷去除率仅为18%）,远高于已报道的40%的去除率.这表明ppk基因在E. coli中的过量表达,导致了E. coli菌体中poly-P的大量聚集,从而大大去除了培养基中的磷酸盐.     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。